EasyRead-Technology und Erweiterung der Möglichkeiten im Elektropherogramm
Mit dem neuen Update im Juli 2020 erhalten unsere Kunden verbesserte Algorithmen zur Identifizierung von Sequenzierungs- und technischen Artefakten insbesondere bei der Erkennung von Durchstrahlartefakten (Pull-Up ́s). Für eine bessere Darstellung dieser Artefakte im Elektropherogramm, wird ein Bin-Highlighting angeboten. Dieses unterstützt den Anwender optisch bei der Bewertung von Allelen.
Unsere Kunden erhalten dieses Update mit der nächsten Produktauslieferung ab Juli 2020.
Weitere Informationen zu unserer EasyRead-Technology
Abetter LIMS bietet mit der EasyRead-Technologie eine neue Generation der Fragmentlängenanalyse. Diese ermöglicht eine schnelle und robuste Fragmentlängenanalyse (FSA/HID) im Hochdurchsatz sowohl für die Auswertung von Referenzproben als auch für Mischspuren. Nicht nur high-quality-Proben, sondern auch Spuren im Low-Template-Bereich können ohne aufwendige Anpassung der Auswertemethode zuverlässig ausgewertet werden. Die EasyRead-Technologie unterstützt aktuell die 6-Farbtechnologie.
Size und Allel Calling
Für eine unkomplizierte und schnelle Analyse wurden die Size und Allel Calling Algorithmen der Rohdatenauswertung um eine automatische Peakerkennung mittels Polynomfunktion ergänzt. Des Weiteren wird die Größenzuweisung durch eine umfangreiche Mustererkennung unterstützt. Diese Verbesserungen ermöglichen eine effiziente Hochdurchsatzanalyse.
Referenzdaten
Abetter LIMS unterstützt die automatische Analyse von autosomalen und gonosomalen Markern mittels kommerzieller Multiplex-Kits sowie mit In-house Multiplex-Kits. Die Basis dafür bildet eine umfangreiche Referenzdatenbank bestehend aus allen bekannten, kommerziell erhältlichen STR-Kits, Längenstandards und Markern. Zusätzlich kann diese Datenbank vom Nutzer ergänzt und erweitert werden.
Grafische Benutzeroberfläche
Die Daten der Fragmentlängenanalyse werden in einer speziellen grafischen Benutzeroberfläche dargestellt, die extra für die Anzeige und Bearbeitung vom Elektropherogrammen entwickelt wurde. Neben einer punktgenauen Darstellung sowie umfangreichen Zoom-Funktionen bietet die Oberfläche auch viele Möglichkeiten für die Bearbeitung und Auswertung von Mischspuren. Dazu gehört auch die freie Anordnung mehrerer Fenster neben- oder übereinander, so dass mehrere Spuren direkt verglichen werden können. Für eine vereinfachte Analyse mehrerer Replikate wurde die Möglichkeit einer markerzentrischen Ansicht implementiert.
Artefakterkennung
Abetter LIMS unterstützt die korrekte Fragmentlängenanalyse mit Hilfe von hochentwickelten Algorithmen zur Identifizierung von Sequenzierungs- und technischen Artefakten wie Stutter-Peaks, Shoulder-Peaks, Off-Ladder-Peaks und Off-Scale-Peaks. Die Artefakterkennung erfolgt automatisch während des Size und Allel Callings und kann vom Anwender angepasst werden.