Rohdatenauswerung mit GenoProof 

GenoProof bietet die Möglichkeit, fsa- und hid-Rohdaten zu importieren und auszuwerten. Die integrierten Algorithmen sind in der Lage, eine komplett automatische Rohdatenanalyse inklusive Size und Allele Calling durchzuführen sowie Artefakte mit hoher Sicherheit zu erkennen. Mit der EasyRead-Technologie bietet GenoProof eine neue Generation der Rohdatenanalyse. Diese neuartige Technologie ermöglicht eine schnelle und robuste Rohdatenanalyse für Hochdurchsatzverfahren für alle Probenarten. Dadurch wird die Rohdatenauswertung noch einfacher.  

  • Keine Anpassung der Auswertungsparameter notwendig
  • Optimierung der Auswertung des Längenstandards mittels Ähnlichkeitsvergleiche und Mustererkennung
  • Peakerkennung mittels Polynomfunktion
  • Artefakterkennung wie Durchstrahler, Stutter-Peaks, Triband-Muster usw.

 

EasyRead-Technologie

Die EasyRead-Technologie basiert auf neuen und verbesserten Algorithmen und ist in der Lage, nahezu alle Rohdaten ohne vorherige Anpassung von Parametern auszuwerten. Insbesondere Schwierigkeiten bei der Auswertung des Längenstandards sowie bei der Leiterkalibrierung gehören nun der Vergangenheit an.  

Size und Allel Calling

Für eine unkomplizierte und schnelle Analyse wurden die Size und Allel Calling Algorithmen der Rohdatenauswertung um eine automatische Peakerkennung mittels Polynomfunktion ergänzt. Des Weiteren wird die Größenzuweisung durch eine umfangreiche Mustererkennung unterstützt. Diese Verbesserungen ermöglichen eine effiziente Hochdurchsatzanalyse.  

Referenzdaten

GenoProof unterstützt die automatische Analyse von autosomalen und gonosomalen Markern mittels kommerzieller Multiplex-Kits sowie mit In-house Multiplex-Kits. Die Basis dafür bildet eine umfangreiche Referenzdatenbank bestehend aus allen bekannten, kommerziell erhältlichen STR-Kits, Längenstandards und Markern. Zusätzlich kann diese Datenbank vom Nutzer ergänzt und erweitert werden.  

Grafische Benutzeroberfläche

Die Rohdaten werden in einer speziellen grafischen Benutzeroberfläche dargestellt, die extra für die Anzeige und Bearbeitung vom Elektropherogrammen entwickelt wurde. Neben einer punktgenauen Darstellung sowie umfangreichen Zoom-Funktionen bietet die Oberfläche auch viele Möglichkeiten für die Bearbeitung und Auswertung von Spuren. Dazu gehört auch die freie Anordnung mehrerer Fenster neben- oder übereinander, so dass mehrere Spuren direkt verglichen werden können.  

Artefakterkennung

GenoProof unterstützt die korrekte Rohdatenauswertung mit Hilfe von hochentwickelten Algorithmen zur Identifizierung von Artefakten wie Stutter Peaks, Shoulder Peaks, Off Ladder-Allelen und Triband-Mustern. Die Artefakterkennung erfolgt automatisch während des Size und Allel Callings und kann vom Anwender angepasst werden.  

hid-Format

Das hid-Format ist das Nachfolgeformat für fsa und wird standardmäßig bei ABI-Sequenzern ab der 3500er Serie verwendet. Dieses Format kann genauso wie das fsa-Format von GenoProof gelesen und ausgewertet werden.  

Kontaminationskontrolle

Das Programm führt während des Rohdatenimports eine Kontaminationskontrolle durch. Dies bietet die Möglichkeit, neue Proben automatisch mit den Genotypen der Labormitarbeiter abzugleichen.

Ihr Ansprechpartner

Michael Kahr

Director Sales

  +49 351 8838 2808
  m.kahr@qualitype.de

Preis

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Systemvoraussetzung

Betriebssystem

Microsoft Windows 7, Windows 8, Windows 8.1 und Windows 10 (32 und 64 bit)

Arbeitsspeicher

mind. 1 GB verfügbarer RAM

Festplattenspeicher

ca. 500 MB (ohne Datenbank)

Bildschirmauflösung

mind. 1024 x 768, HD-Auflösung empfohlen